(조세금융신문=안창남 교수) 납세자는 혼자이지만 세금을 걷는 기관은 국세(국세청)와 지방세(행정자치부)로 대별된다. 종전에는 국세가 부과되면 지방세는 그에 부가(附加)하여 지방세를 거두었으나, 2014년부터 지방세가 독립세로 전환되면서, 지방세는 더 이상 국세의 종(從)된 변수가 아니게 되었다. 독립세로 전환된 지방소득세 중 「개인지방소득세」의 경우 2016년도까지는 국세청에서 신고납부를 대행하고 있어서 기존의 신고납부와는 별반 차이가 없다.

그러나 「법인지방소득세」는 2014년도 귀속소득부터 기존의 신고납부방식(법인세와 그에 부가하여 법인지방소득세를 국세청에 함께 신고·납부하였음)과 달리 전국 사업장 관할 지방자치단체에 각각 별도의 신고납부를 하게 되었다. 만일 내국법인의 국내지점이 100곳이라면 지방소득세 신고를 100번 하여야 하는 것이다. 아래에서는 법인지방소득세를 중점 분석하였다.

독립세 체계가 지니는 문제점 중의 하나가 세무조사와 관련된 중복조사 시비다. 독립세로 전환되었다는 얘기는 지방세 과세표준을 국세와 달리 하겠다는 의미인데, 이를 현실화하려면 지방자치단체가 국세와는 별도의 세무조사를 하여야 가능하다.

주지하다시피, 국세청은 본점 및 전국의 지점을 모두 세무조사하고, 사업장 관할 지방자치단체의 장은 해당 법인의 지점에 대한 소득의 과세표준과 세액을 결정할 권한을 가지고 있다. 따라서 납세자 입장에서는 국세청 및 다수의 지방자치단체로부터 동일한 사업연도의 소득에 대해 중복조사를 받을 수 있다는 우려가 제기되었다.

그런데 지방세의 절차법인 「지방세기본법」 제110조에서는 세무조사대상자 선정기준을 두고 있고 그 뒤 조문의 세무조사절차가 규정에 따르면 지방자치단체가 세무조사를 하는 것이 전혀 이상하지 않다. 그리고 지방세의 실체법인 「지방세법」 제98조에 따르면 지방세를 포탈할 우려가 있다고 인정되는 경우에는 「수시부과결정」을 할 수 있도록 규정하고 있다.

따라서 지방세 특히 지방소득세와 지방법인세가 독립세로 전환된 이상, 국세의 세무조사와는 별도로 지방세도 세무조사를 할 수 있는 것이다.

중복조사가 아니다?

세법체계야 그렇다고 하더라도, 납세자의 입장에서 살펴보자. A법인의 2015사업연도에 대해 국세청에서 세무조사를 나왔고 그 결과를 지방세 과세당국에 통보를 했는데, 몇 달 뒤 같은 사업연도에 지방세 과세관청에서 다시 해당 과세표준이 지방세법 규정에 맞는지 여부를 조사하겠다는 명목으로 세무조사가 나왔다고 하자.

이에 대해 세무조사 공무원들이야 “세법에 따른 세무조사인데 무슨 중복조사인가라고 말은 할 수 있겠지만, 세금을 내는 사람은 혼자인데 국세청에서 와서 회계서류를 뒤적이고 난 뒤 구청에서 와서 다시금 뒤적거린다면 이게 중복조사가 아니고 무엇인가”냐고 납세자는 반문할 것이다. 이와 같은 세무조사가 세법(국세기본법, 지방세기본법)의 논리에는 맞을지 모르지만, 국민의 정서적 기준에는 뭔가 이상하다는 느낌을 지울 수 없다.

최근 중복조사가 논란이 된 것은 국세다. 그 대강을 살펴보면 아래와 같다. 국세청이 B법인에게 조사대상 세목을 ‘법인세 부분조사’로, 조사대상기간을 ‘2006. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지’로, 조사범위를 ‘본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면과 관련된 사항’으로 한 세무조사결정처분을 하고 이에 따라 세무조사를 실시하였으나, 다시금 2012. 3. 21. 조사대상 세목을 ‘법인제세 통합조사’로, 조사대상기간을 ‘2009. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지’로 하는 세무조사결정처분을 하였다.

B법인은 2010 사업연도 법인세 부분은 특별한 사정이 없는 한 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하여 위법 부당한 처분이라는 주장을 하였다.

이에 대해 대법원은 “같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼것은 아니다.”라고 판결(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062) 하였다. 즉, 중복조사라는 얘기다. 국가가 패소한 것이다.

위 대법원의 판례가 국세와 지방세의 중복조사 논란에 까지 영향을 미칠까? 위 판례는 법인세라는 같은 사업연도의 세목을 서로 다른 날짜에 세무조사가 실시된 것이 잘못되었다는 얘기다. 즉, 납세자의 자유권과 재산권을 부당하게 침해했다는 것이다.

위와 같은 대법원의 논리에 따른다면 국세인 법인세와 지방세인 지방소득세를 순차적으로 세무조사를 한 것이 중복조사에 해당되지 않는다는 보장이 없다. 물론 법치주의 국가인 이상 법률에서 규정하고 있다면 그것에 따라야 함은 당연한 것이지만, 그럼에도 불구하고 그와 같은 법률의 규정이 헌법의 정신에 부합되는지는 별개의 문제다.

국세와 지방세 통합조사

법인지방소득세를 구조를 간단히 살펴보면 중복조사의 시비를 벗어날 여지는 충분히 있다고 본다. 「지방세법」 제103조의 19에 따르면, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액으로 하고 있다.

그러나 국세에 적용되는 각종 조세특례(예 : 외국납부세액공제, 중소기업에 대한 조세특례 등)에 대해서 현행 「지방세특례제한법」에서는 법인지방소득세에 관한 세액공제·감면에 관한 사항은 규정하고 있지 않다.

따라서 현재로서는 법인지방소득세 산출세액에서, 국세에서 적용되고 있는 각종 공제감면은 지방자치단체 단계에서는 적용되지 않고, 기납부세액만을 차감하여 바로 법인지방소득세를 납부하는 구조다.

결국 「법인세법」 제13조에 따른 법인의 과세표준 금액에 대해 국세청의 세무조사가 있었고 이후 지방자치단체가 이를 의심(?)하여 (또는 그 반대도 가능함) 다시금 과세표준 금액을 재조사할 수 있는지 여부가 이번 논의의 핵심쟁점이 된다.

아무튼 납세자의 입장에서 본다면 동일한 과세표준에 대해 서로 다른 과세관청이 이를 조사한다는 것은 중복조사 그 이상도 그 이하도 아니라고 판단할 것이다.

따라서 이와 같은 문제점을 해결하기 위해서는 세무조사를 할 경우 국세와 지방세를 통합하여 세무조사하는 방안을 강구할 필요가 있다고 본다. 왜냐하면 법인납세자가 국세인 법인세를 포탈하고자 하는 반면 법인지방소득세는 제대로 납부한다고 생각하지 않기 때문이다. 세금을 포탈하고자 마음을 먹었다면 국세나 지방세 모두를 대상으로 하였을 것이다.

조세청 설립을 통한 중복조사 방지 방안

근본적인 문제이긴 하지만, 지방자치의 필요성은 별도로 하고, 이 좁은 나라에서 국세청과 각 지방자치단체 사이에 세무조사 기관을 별도로 둘 필요가 있는지는 의문이다. 아무래도 지방세공무원의 세무조사에 대한 전문성이 국세공무원보다 뒤떨어지는 것이 현실이다. 국세공무원은 세무조사만을 전담으로 하고 있기 때문이다. 따라서 국세를 담당하는 국세청과 지방세를 담당하는 지방자치단체의 세무부서를 통합하여 조세청(가칭)을 설립하는 방안도 강구할 필요가 있다고 본다. 프랑스가 이렇게 하고 있다.

사정이 이렇다보면 지방자치단체의 과세자주권 논란이 있을 수 있다. 그렇다면 조세청에서 근무하는 지방세공무원에 대한 인사권을 해당 지방자치단체가 가지고 있으면 된다.

실무상 문제가 자주 발생하는 것은 수시부과 결정이다. 국세나 지방세 모두 해당 세금을 포탈할 우려가 있을 경우에는 정상적인 세무조사 이외에 수시부과결정을 할 수 있도록 세법에 규정하고 있다. 즉, 과세권자가 맘만 먹으면 언제든지 세무조사를 할 수 있도록 규정하고 있다. 법조문의 ‘포탈할 우려’란 지극히 주관적인 판단 사항이기 때문이다.

따라서 조세청을 설립하여 세무조사를 한다고 한다면, 과세관청의 무분별한 세무조사권 행사를 견제할 수도 있다. 국세와 지방세 공무원의 주관적인 판단이 서로 다르기 때문이기도 하다.

보다 현실적인 문제는 납세자의 과세정보를 현재 대부분 국세청의 전산실에서 보유하고 있는데, 지방세 세무조사를 위해서 별도의 지방세 전용 과세자료 보관하여 운용하고 이를 분석할 필요가 있는가 하는 점이다. 즉, 국세의 전산실과 지방세의 전산실이 별도로 설치될 필요는 없다고 본다. 정보를 공유하면 될 것이다. 조세청을 설립하여 운용하면 그와 같은 정보공유는 별도의 정보교환절차 없이 가능하므로 세무조사의 효율성도 기대할 수 있다고 본다.

또한 국제화된 시대에 내국법인의 과세표준의 상당부분은 외국과 상관이 있는 경우가 많다. 조세조약의 적용세목에는 법인세에 부가되는 지방세가 포함된다. 이럴 경우 조세조약을 적용하여야 하고 때로는 외국정부와 상호합의도 하여야 하는데 현재 과연 지방자치단체가 이와 같은 능력이나 전문 인력을 보유하고 있는지 의문이 든다. 따라서 조세청을 설립할 경우 이미 이 분야에 많은 실무상 경험을 축적하고 있는 국세청의 노하우를 공유할 수 있다는 장점도 있다.

어찌되었든 중복세무조사는 납세자의 재산권 보장과 조세부담 예측가능성을 현저히 약화시킬 수 있다는 점에서 볼 때, 이를 방지하기 위한 제도적 장치의 마련이 시급하다고 본다.

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