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[예규·판례]연구·인력개발비 부인된 세액공제 재조사 경정 타당

심판원, 청구법인의 기업부설연구소가 미래과학부장관의 인정받은 점 등에 비추어 봐

(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원에 따르면 처분청이 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 볼 수 있는 측면이 있으나, 청구법인이 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 적정여부를 재조사해야 한다고 주장하고 있으므로 청구법인의 연구개발이 조세특례제한법 규정상 연구개발의 범위에 포함된다면 세액공제를 적용받는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다는 심판결정례를 내놓았다.

 

소형카메라모듈 등의 플라스틱사출제품 등 제조업을 영위하는 청구법인은 2012~2015사업연도 법인세 신고 시 조세특례제한법 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) 합계 000원을 적용받았다.

 

그러나 처분청은 2018.1.24.부터 2018.2.13.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인의 연구원들이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하였다는 사유로 청구법인이 적용받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 부인 등을 하여, 청구법인에게 2018.3.5. 2012사업연도 법인세 000원, 2018.5.8. 2013~2015사업연도 법인세 합계 000원 000을 각 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복, 2018.3.19. 이의 신청 000을 거쳐 2018.7.23. 심판청구를 제기하였다.

 

청구법인의 주장에 의하면 처분청은 2016.12.29. 입사한 기업부설연구소장과 다른 부서로 전출된 직원의 문답서 내용 등을 근거로 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하였으나, 청구법인에게는 청구법인이 일반관리부서의 영업활동과 엄연히 구분되는 연구활동을 실질적, 지속적으로 수행한 것으로 볼 수 있는 증거가 충분하므로, 처분청이 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인한 것은 근거과세의 원칙을 위배한 것이라는 것이다.

 

처분청에 의하면 청구법인에 대한 세무조사 착수 당시 청구법인의 본사 건물에 게시된 청구법인의 2017.3.10. 현재 조직도와 청구법인의 2011. 2012년 직원 근태현황자료 등에 의하면 청구법인에는 연구전담부서(기업부설연구소)가 없는 것으로 나타난다.

 

또한 청구법인의 연구·인력개발비는 과학적·기술적 진전을 위한 것이 아닌 거래처의 확정된 도면을 가지고 000제품을 양산하기 위한 일반재료비 등의 제조원가에 해당하는 것이고, 청구법인의 기업부설연구소장 등과 처분청 세무공무원 간의 문답서에 청구법인의 연구원들이 연구개발 업무 외에 다른 업무를 겸하고 있다는 내용이 나타난다는 의견을 제시했다.

 

조세심판원은 청구법인의 기업부설연구소가 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 규정에 따른 기업부설연구소이므로 청구법인이 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 적정여부를 재조사하여야 한다고 주장하고 있다고 판단하고 있다.

 

또한 심판원은 청구법인의 연구개발이 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정하는 연구개발의 범위에 포함된다면 연구소 연구전담요원에 대한 인건비와 연구개발 활동에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는 재료비 등에 대해서는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단, 주문과 같이 재조사결정(조세2018중3462, 2019.01.24.)을 내렸다.

 

[주문]

000이 2018.3.5. 청구법인에게 한 2012사업연도 법인세 000원의 부과처분 및 2018.5.8. 청구법인에게 한 2013~2015사업연도 법인세 합계 000원 000의 부과처분은 청구법인의 2012~2015사업연도 연구·인력개발비를 재조사하여 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원에 대한 인건비와 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원이 연구개발 활동에 직접 사용한 것이라고 볼 수 있는 재료비 등에 대하여 조세특례제한법 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)를 적용받는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

 

 

다음은 사실관계 및 판단사항이다.

①청구법인은 주로 거래처로부터 설계도면을 받아 000을 제작한 후 소형카메라모듈 등의 플라스틱사출제품 등을 제조하고 있고 거래처로부터 받은 설계도면을 일부 수정한 후 000을 제작하는 경우도 있다.

 

②청구법인은 2012~2015사업연도 법인세 신고 시 연구·인력개발비에 대한 세액공제 합계 000원을 적용받았다.

 

③처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인의 연구원들이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하였다는 사유로 청구법인이 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 부인 등을 하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하였다.

 

④청구법인의 기업부설연구소가 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조 제1항에 따라 000의 인정000을 받은 기업부설연구소라는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

 

⑤처분청에서 제출한 청구법인의 2011.2012년 직원 근태현황자료에 기술연구소라는 부서명은 나타나지 아니한다.

 

⑥청구법인은 청구법인의 기업부설연구소에서 연구개발이 이루어진다는 근거로 아래의 증빙서류 등을 제출하였다. ▲청구법인은 특허청장이 증명한 디자인등록증000, 실용신안등록증000, 특허증000. 특허증000, 특허증000, 특허증000 사본 각 1매를 제출하였다. ▲청구법인은 기술보증금 이사장이 2016.10.20. 청구법인에게 발급한 벤처기업확인서 1매를 제출하였다. ▲청구법인은 000의 청구법인 기술연구소에 대한 현지확인 보고서(2014.6.17.) 사본1매를 제출하였다. 

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