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[전문가칼럼]법인납세과의 감면법인 사후관리

(조세금융신문=윤창인 회계사) 1. 법인납세과의 관리대상 감면법인

감면법인에 대한 관리는 다음의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여 실시한다. 다만, 국세청장이 사후관리의 실익을 감안하여 생략할 필요가 있다고 인정하는 감면을 적용받은 법인에 대해서는 관리대상에서 제외할 수 있다(법인사규103).

 

① 조세특례제한법에 따라 소득공제ㆍ세액공제ㆍ세액감면ㆍ이월과세ㆍ과세이연ㆍ손금산입 등과세특례를 적용받은 법인

② 위 “①”에 열거하는 법률에 따른 감면을 직접 받지 않았으나 거래상대방의 조세특례와 관련하여 법령에 따른 의무를 이행하여야 하는 법인

 

2. 법인세 감면법인의 사후관리업무 관할관서

(1) 감면법인의 관리는 납세지 관할세무서장이 함

감면법인에 대한 관리업무는 납세지 관할 세무서 법인납세과장이 하는 것을 원칙으로 한다(법인사규106 ①).

 

(2) 지방국세청장이 사후관리업무를 할 수 있는 경우

국세청 법인납세과장이 감면법인의 규모, 감면유형의 중요도 등을 고려하여 선정한 감면법인은 지방국세청 성실납세지원국장이 사후관리업무를 실시할 수 있다(법인사규106 ②).

 

(3) 감면사후관리 진행 중 세무조사통지를 받은 경우

감면사후관리에 착수하여 사후관리에 의해 정확한 공제·감면세액이 사실상 확정되지 아니한 법인으로서 세무조사통지를 받은 법인에 대하여는 사후관리 진행내용을 지방국세청 조사국장 또는 세무서 조사과장에 통보하여 세무조사에 활용하도록 하여야 한다(법인사규106 ③).

 

3. 법인세 조사를 받는 경우의 감면법인 관리

(1) 조사대상 사업연도의 감면요건 검토

법인세 조사 시(부분조사를 포함한다)에는 그 조사대상 사업연도의 감면요건 검토 및 사후관리 할 사항에 대하여 조사담당기관(세무서 조사과장, 지방청 조사국장)이 실시한다(법인사규106 ④).

 

(2) 조사국장은 납세지 관할세무서장에게 감면사후관리 관련 서류제출 요구

지방국세청의 조사담당기관의 장은 조사대상법인의 납세지 관할세무서장에게 감면사후관리 등에 필요한 서류의 제출을 요구할 수 있다(법인사규106 ⑤).

 

4. 법인납세과의 법인세 감면법인의 사후관리 시기

(1) 감면법인의 사후관리 시기

법인세의 감면법인에 대한 관리는 법인세 신고기한으로부터 1년 이내에 실시함을 원칙으로 하되, 별도로 정한 경우에는 그에 따른다(법인사규107 ①).

 

(2) 감면법인의 사후관리 시기

세무서장은 감면법인에 대한 수시감면요건 검토 및 사후관리를 다음과 같이 실시한다(법인사규107 ②).

 

① 휴ㆍ폐업 등의 사유발생으로 수시 관리할 필요가 있을 때

② 조세채권확보를 위하여 필요할 때

③ 기타 특정감면유형에 대한 일괄관리 등이 필요할 때

 

5. 법인납세과의 감면법인의 사후관리 방법

(1) 감면법인의 사후관리는 서면검토가 원칙임

감면법인에 대한 요건검토 및 사후관리는 전산으로 통보받은 내용과 법인세 과세표준 및 세액신고서 등에 의하여 서면으로 검토함을 원칙으로 한다(법인사규109 ①).

 

(2) 감면법인의 사후관리는 별도 계획(예: 현장확인 등)에 의할 수 있음

국세청장이 별도의 사후관리계획을 수립하여 시행하는 경우에는 해당 계획 등에서 정하는 바에 따른다(법인사규109 ②).

 

(3) 조사대상자 선정 등에 활용

사후관리담당자는 현장확인 결과 실지조사에 갈음하는 광범위한 확인이 필요한 경우에는 성실납세지원국장(또는 세무서장)의 결재를 득한 후 관련내용을 조사국(또는 조사과)에 통보하여 조사대상 선정 등에 활용하도록 한다(법인사규109 ③).

 

6. 법인납세과의 부당감면 혐의법인에 대한 해명요구

(1) 의의

지방국세청 성실납세지원국장 또는 세무서 법인납세과장은 법인세 과세표준신고서 및 첨부서류 등에 의하여 서면 검토한 결과 감면요건 적합여부 등을 정확하게 판단할 수 없는 경우 또는 부당감면혐의 등 문제점에 대하여 별도의 해명자료를 받고자 할 때에는「해명할 사항 제출안내」로 15일 이내의 기간을 정하여 서면으로 요구할 수 있다(법인사규110 ①).

 

(2) 부실 해명법인에 현장확인 실시 가능

해명자료를 제출하지 않거나 제출한 해명자료로 사후관리를 종결할 수 없는 때에는 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다(법인사규110 ②).

 

(3) 담당조사관은 막연하거나 포괄적인 자료제출 요구금지

해명요구는 구체적인 사항에 대하여 요구하여야 하며, 막연하거나 포괄적인 자료제출을 요구하지 않도록 유의하여야 한다(법인사규110 ③).

 

7. 법인납세과의 감면법인 사후관리요령

감면법인에 대한 사후관리는 국세청 법인납세과장이 사후관리대상을 전산 출력하여 세무서장에게 통보한 관리대상자를 감면의 성격에 따라 아래의 감면유형으로 구분하여 검토한다(법인사규111 ①).

 

① 감면요건의 검토만으로 관리가 종결되는 감면

② 감면요건의 검토와 사후관리가 필요한 감면

③ 사후관리만 실시하여야 할 감면

 

(1) 감면요건의 검토만으로 관리가 종결되는 감면

감면요건의 검토만으로 관리가 종결되는 감면에 대해서는 조세특례제한법의 해당규정에서 정한 감면요건의 일치 여부만 검토하고 관리를 종결한다. 이 경우 다음의 사항을 정밀하게 검토하여야 한다(법인사규111 ②).

 

① 부당감면 혐의에 대한 전산검색사항

② 최저한세 및 농특세 계산의 적정 여부

③ 추계결정시 감면배제대상 여부

④ 기타 법정감면요건의 일치 여부

 

(2) 감면요건의 검토와 사후관리가 필요한 감면

감면요건의 검토와 사후관리가 필요한 감면에 대해서는 감면요건의 일치여부와 사후 법적의무이행 여부를 함께 검토한 후 관리종결 또는 계속사후관리 대상여부를 확정한다(법인사규111 ③).

 

(3) 사후관리만 실시하여야 할 감면

사후관리만 실시하여야 할 감면에 대해서는 사후 법적의무이행 여부만을 검토한 후 관리종결 또는 계속사후관리 대상여부를 확정한다(법인사규111 ④).

 

8. 법인납세과의 사후관리 결과의 처리

(1) 사후관리 결과를 전산에 입력

감면사후관리 담당자는 사후관리 실시결과를 전산에 입력하여야 하며(법인사규112 ①), 법인납세과장은 사후관리대상법인에 대하여 사후관리가 누락되지 않도록 관리하여야 한다(법인사규112 ②).

 

(2) 수정신고 하지 않은 법인은 결정 결정하여 과세예고통지 함

사후관리 실시결과 감면요건 미비 등으로 부당 감면받은 법인은 「법인세 서면분석·공제감면 사후관리 검토결과 안내」로 수정신고 안내하고 기한까지 수정신고하지 않은 법인은 경정결정한다(법인사규112 ③).

 

(3) 해명자료 자료 검토결과 통지

감면법인이 제출한 해명자료 검토결과 추징사유가 발생하지 않은 경우에도 「해명자료 검토결과 통지서」로 그 결과를 통지한다(법인사규112 ④).

 

9. 법인납세과의 감면법인 기타 관리사항

(1) 해명요구 처리진행상황 및 문제점 등의 관리

부당감면혐의 등 문제점에 대하여 별도의 해명요구를 한 경우 해명요구 처리진행상황 및 문제점 등을 관리하여야 한다(법인사규114 ①).

 

(2) 사후관리 사항 및 타서 수보자료는 계속 관리

감면요건 검토를 종결하고 사후 관리할 사항이 있는 경우와 타서 관할 세무서장으로부터 감면사실을 전산 또는 수동으로 통보받은 감면자료는 계속 관리하여야 한다(법인사규114 ②).

 

(3) 사후관리 법인의 경우 정기 세무조사 또는 수시 세무조사 시 활용자료로 사용

사후관리가 종결되지 아니한 법인과 사후관리결과 계속관리대상으로 분류한 법인은 법인별로 관리하여 법인세조사 및 다음의 정기 또는 수시 사후관리 시 활용할 수 있도록 하여야 한다(법인사규114 ③).

 

[프로필] 윤 창 인

• 현) 회계법인 창해 회계사

• 현) 국세청 국세공무원교육원 외부교수
• 전) 우정세무회계 대표 공인회계사

• 전) 국세청 역외탈세 추적전담센터 TF, 서울청4국 외 근무 • 전) 안진회계법인 세무자문본부 TC팀

• 저) 국세청 사후검증과 세목별 세무실무(P1461)

• 세무조사실무와 업종별 조사사례(P1470)

- 대한변호사회 세무조사 강의

- 한국공인회계사회 세무조사 강의

 

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