(조세금융신문=고승주 기자) 3월 법인세 신고 기간이다. 2017년 적용되는 법인세법에서 주목할 부분은 기업합병·분할 항목이다. 해외완전자회사간 합병 시 과세특례, 외국법인에 대한 이월결손금 공제한도 신설됐고, 사업재편계획 등에 따른 구조조정 시 세제지원이 강화됐다.

법인세 부문 조세특례분야에선 대·중소기업 상생협력에 대한 세제지원 확대를 꼽을 수 있다. 벤처기업 등에 출자하는 기업에 세액공제를 주고, 중소·중견기업에 대한 가속상각 특례를 만들기도 했다. 특히 개정세법을 적용할 때 주의해야 할 것이 적용 시기다. 2017년 1월 1일부터 시행되지 않은 경우도 있기에 적용시기를 착각하면, 추가납부를 해야 할 수 있다.

◇ 이월결손금 공제한도 적용 제외 법인 확대
이월결손금 공제한도 적용 제외 법인에 △유동화전문회사 △ 자본시장법상 회사형 집합투자기구 △위탁관리 부동산투자회사 △프로젝트금융투자회사(PFV) 등이 속하게 됐다. 이들 회사는 지급배당소득공제를 통하여 사실상 법인세를 내지 않는 명목상 회사이기 때문이다. 적용은 2017년 2월 3일 이후 과세표준 신고분부터다.

◇ 분할합병·주식의 포괄적 교환 시 과세이연 요건 완화
2016년 3월 상법상 삼각분할합병·삼각주식교환이 허용됨에 따라 과세이연 요건도 완화됐다. 분할합병 시 상대방법인 또는 분할합병의 상대방법인의 모회사 주식이 80% 이상 배정된 경우, 주식의 포괄적 교환 시 완전모회사 또는 완전모회사의 모회사 주식이 80% 이상 배정된 경우 각각 과세이연을 적용받을 수 있다. 2017년 1월 1일 이후 분할합병분부터 적용이다.

◇ 해외완전자회사 간 합병 시 과세특례
동일 내국법인이 100% 지배하는 해외완전자회사를 합병하는 경우 내국법인에 적용하는 의제배당과세를 이연한다. 적용은 2017년 2월 3일 이후 합병분부터다.

◇ 사업재편계획 등에 따른 구조조정에 대한 세제지원

‘기업활력 제고를 위한 특별법’에 따라 사업재편계획 승인을 받은 법인이 채무를 주식으로 전환하면, 채무면제이익 과세이연대상에 포함한다. 사업재편계획에 따라 기업간 주식교환을 할 경우 지속적인 과세이연 대상이 된다. 구조조정 시 금액에 상관 없이 자회사의 채무인수·변제·증여자산을 비용처리 할 수 있다. 2017년 2월 3일 이후 과세표준 신고분부터 적용한다.

◇ 채무보증 구상채권 대손금 손금산입 대상 조정
보증 관련해 대위변제로 발생한 구상채권은 회수할 수 없어도 대손금으로 인정받지 못하지만, 건설사가 특수관계인 외의 자에게 건설사업과 직접 관련해 제공한 채무보증은 손금으로 인정받을 수 있다. 단, ‘사회기반시설에 대한 민간투자법’에 따른 민자사업으로 발생한 채무보증의 경우엔 특수관계인 간 보증이라도 대손금 손금 대상이 된다. 적용은 2017년 2월 3일 이후부터다.

◇ 부동산임대업 법인의 접대비 요건 강화
부동산임대업이 주업인 기업은 접대비 및 업무용승용차 관련 비용의 손금이 제한된다. 단, △지배주주 및 특수관계인 지분합계가 전체의 50% 초과 △부동산 임대업이 주된 사업 또는 부동산임대수입, 이자·배당의 합이 매출액의 70% 이상 △ 해당 사업연도의 상시근로자 수가 5인 미만 등의 요건에 모두 해당해야 한다. 상시근로자를 꼽을 때 근속연수 1년 미만 직원과 최대주주의 친인척은 제외한다. 2017년 사업연도부터 적용이다.

◇ 업무용승용차 관련 비용 손금산입 보완
업무용승용차 운용 시 렌터카 임대차 특약도 업무전용자동차 보험으로 간주한다.
1년 중 일부 기간만 업무전용자동차보험에 가입한 경우 그해 업무용 승용차 관련 비용과 업무사용비율을 곱하고, 여기에 업무전용보험 실제가입일수과 사업연도 중 업무전용보험 의무가입 일수를 나눈 값을 곱해 나온 금액을 손금산입한다. 적용은 2017 년 2월 3일 이후 과세표준 신고분부터다.

◇ 보증보험의 비상위험준비금 손금산입 한도 조정
‘보험업법 시행령’ 개정으로 보증보험의 누적적립한도가 상향 조정된 점을 감안해 보증보험의 누적 적립한도가 100분의 150으로 확대됐다. 적용은 2017년 2월 3일 이후 지출분부터다.

◇ 완전자회사간 합병 시 과세이연 허용
동일한 모회사가 지분 100%를 갖고 있는 완전자회사끼리 합병하는 경우 별도의 요건 없이 과세이연을 허용한다. 2017년 1월 1일 이후 합병분부터 적용이다.

◇ 합병 시 자산처분손실 공제제한 합리화
합병 전 보유자산에 대해서는 합병 시 시가와 장부가액 차이만큼만 공제를 제한한다. 합병 후 시가 하락에 따른 처분손실은 제한 없이 전체 사업에서 공제할 수 있게 된 것이다. 적용은 2017년 1월 1일 이후 과세표준 신고분부터다.

◇ 물적분할·현물출자 시 사후관리 완화
구조조정 후 사후관리 요건이 완화됐다. 기존에는 분할신설법인·피출자법인에 대한 지분율이 50% 미만으로 하락한 경우 사후관리 대상이 됐지만, 3년 동안 이들 법인에 대한 지분율을 50% 이상으로 관리하면 그 이후부터는 지분율 관련해서 사후 관리 대상에 포함되지 않는다. 적용은 2017년 1월 1일 이후 개시 하는 사업연도분부터다.

◇ 물적분할·현물출자 시 계속 과세이연 범위 확대
기업 적격구조조정 시 계속 과세이연 범위에 물적 분할·현물 출자 후 모든 유형의 구조조정이 포함된다. 적격합병·분할·현물 출자·자산의 포괄적 양도·주식의 포괄적 교환 등이 그 대상이다. 적용은 2017년 2월 3일 이후 적격구조조정분부터다.

◇ 기업소득환류세제 개선
원래 3년간 고정하도록 되어 있던 기업소득환류세제 과세방식에 대해 변경을 허용하고, 벤처 기업에 대한 신규출자를 투자비용으로 인정한다. 임금증가액 계산 시 직원의 근로소득 증가액에 1.5배의 가중치를 둔다. 배당액도 현금배당과 자기주식을 소각한 금액에 0.5의 가중치를 부여한다. 적용은 2017년 사업연도 분부터다.

◇ 기업소득환류세제 적용 시 기업소득 계산방법 명확화
환류대상 기업소득 계산 시 차감항목에 △비적격합병(분할)의 경우 피합병법인(분할법인)의 양도차익 △비적격합병(분할)의 경우 피합병법인(분할법인)의 주주인 법인의 의제배당소득이 포함됐다. 적용은 2017년 2월 3일 이후 과세표준 신고분부터다.

◇ 외국법인에 대한 이월결손금 공제한도 신설
국내 기업과 과세형평을 위해 외국 기업 역시 80%의 이월결손금 공제한도를 적용받는다. 2017년 사업연도분부터 적용이다.

◇ 합병 후 구분경리가 면제되는 동일사업 범위 확대
합병 후 구분경리가 면제되는 동일사업 범위에 동일사업(표준 산업분류 세분류) 법인간 합병이 포함됐다. 2017년 2월 3일 이전에 합병 또는 분할한 경우에도 적용된다.

◇ 외국납부세액공제 세액계산서 제출기한 연장
외국납부세액공제 세액계산서 제출기한이 외국정부의 통지를 받은 날로부터 2개월 이내에서 3개월 이내로 늘어났다. 2017년 1월 1일 이후 제출분부터다.

◇ 외국법인·비거주자의 국내원천 인적용역소득 범위 확대
해외 기술용역소득에 대한 과세권을 확보하기 위해 조세조약에서 정하는 경우 해외에서 기술용역을 제공하더라도 대가 지급은 국내서 이뤄진다면, 국내원천 인적용역소득에 포함된다. 원천 징수세율은 지급액의 3%다. 적용은 2017년 1월 1일 이후 기술용역제공분부터다.

◇ 외국법인·비거주자의 경정청구 기한 확대
외국법인·비거주자에 대한 경정청구 기한이 3년에서 5년 이내로 늘어났다. 적용은 2017년 1월 1일 이후부터다.

◇ 고용·투자·R&D 관련 세제지원 대상 업종 확대
유흥주점업 및 단란주점업과 호텔업 및 여관업이 추가됐다. 그러나 관광유흥음식점업 및 외국인 전용유흥음식점업, 관광숙박업은 제외다. 2017년 1월 1일부터 시행이다.

◇ 청년 창업중소기업에 대한 세제지원 확대
청년 창업중소기업에 대한 감면율이 3년간 75%, 이후 2년간 50%로 상향됐다. 적용기한은 2018년말까지다. 청년 창업기업의 연령기준은 개인·법인 모두 15세 이상~29세 이하이며, 병역이행 기간은 최장 6년까지 빼고 연령을 계산한다. 또한, 법인 창업시에는 청년창업자가 최대주주도는 최대출자여야 한다. 2017년 1 월 1일 이후 창업분부터 적용한다.

◇ 창업중소기업 등에 대한 세액감면 요건 합리화
벤처기업의 벤처기업확인서상 유효기간 만료 시 만료일이 속하는 과세연도부터 감면에서 배제한다. 해당 과세연도 현재 재확인을 받은 경우에 감면배제에서 제외된다. 중소기업이 △중견·대기업과 합병하는 경우 △유예기간에 있는 기업과 합병 △소유 및경영의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하는 경우 △창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내에 중소기업기준을 초과 하는 경우 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면에서 배제한다. 적용은 2017년 1월 1일 이후 창업하는 분부터다.

◇ 중소기업 특별세액감면 지원대상 확대
수입금액에서 요양급여비용이 차지하는 비율이 80% 이상이고, 종합소득금액이 1억원 이하인 의원·치과의원·한의원에 대해 중소기업 특별세액감면을 적용한다. 장수 성실중소기업에 대해 감면율 10%를 추가 가산해 적용한다. 2017년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 분부터 시행한다.

◇ 전기자동차 대여 중소기업에 대한 세액감면 신설
지원대상은 전체 차량의 50% 이상 전기차를 보유한 자동차 대여업을 영위하는 중소기업으로 소득세 및 법인세의 30% 감면 받을 수 있다. 적용기한은 2019년말까지다.

◇ 대·중소기업 상생협력에 대한 세제지원 확대
기금사용의 범위가 폐지되고, 지원 범위에 농어촌 상생협력기금이 포함됐다. 공제율은 기존 출연금의 7%에서 10%로 상향됐다. 또한 창업보육센터 등과 연계하여 지원하는 창업기업에 유형 고정자산을 무상으로 빌려줄 경우 해당 자산 구입비의 3%를 법인세에서 세액공제 받을 수 있다. 시행은 2017년 1월 1일부터며, 제도 종료는 2019년말이다.

◇ 신성장동력·원천기술 R&D 세액공제 대상 조정
신성장동력·원천기술 관련 공제대상이 11개 분야·36개 세부 분야의 157개 기술로 조정됐다. 공제율은 중견·대기업은 최대 30%까지로 상향됐다. 대상기술 적용은 2017년 2월 7일 이후 발생분부터, 공제율 적용은 2017년 1월 1일부터다.

◇ 대기업 R&D 비용 세액공제 공제율 조정
당기 연구개발비 지출분 공제율이 기존의 기본 2%·추가 1%에서 기본 1%·추가 2%로 하향됐으며, 증가분 공제율은 40%에서 30%로 줄었다. 적용은 2017년 1월 1일부터다.

◇ R&D 세액공제시 위탁·공동연구개발기관 범위 확대
연구개발 세액공제를 받는 위탁·공동연구개발기관 범위에 △ 국내 대학 또는 전문대학 △국공립연구기관 △정부출연연구기관 △국내 비영리법인 또는 비영리법인에 부설된 연구기관이 신규 포함됐다. 적용은 2017년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도분부터다.

◇ 신약 개발에 대한 세액공제 대상 확대
신약 후보물질발굴 기술, 임상 1·2상 시험, 국내 수행 임상3상 시험이 세액공제 대상에 포함됐다. 2017년 2월 7일 이후 발생분 부터 적용이다.

◇ 기술이전 및 기술취득 등 과세특례 개선
중소기업이 취득한 기술에 대해선 취득금액의 10%, 중견·대기업이 중소기업으로부터 취득한 기술은 취득금액의 5%를 세액공제 받을 수 있다. 취득기술 대상은 국내에서 자체 연구·개발한 특허권·실용신안권 및 일정요건을 충족하는 기술 및 기술비법 등이다. 적용은 2017년 1월 1일부터다.

◇ 기술혁신형 중소기업 합병·주식인수에 대한 세액공제 요건 완화
합병·주식인수 시 현금지급비율이 80%에서 50%로 완화됐다.
비상장사가 기술혁신형 중소기업 경영권을 인수하는 경우 피인수기업의 지분율이 30%만 초과하면 세액공제를 적용 받을 수있다. 또한 피합병·피인수기업의 주식배정도 허용된다. 2017년 1월 1일 이후 합병·주식인수하는 분부터 적용한다.

◇ 내국법인이 벤처기업 등에 출자 시 세액공제
국내법인이 벤처기업 등에 대한 출자 시 출자금액의 5%를 세액공제한다. 창업자·벤처기업·신기술사업자·신기술창업전문회사에 대한 직접출자 및 중소기업창업투자조합 등을 통한 간접출자가 적용대상이며, 특수관계법인, 상호출자제한기업의 계열사에 대한 출자는 제외한다.

설립 시 자본금으로 납입하거나 설립 후 7년 이내 유상증자로 납입해야 한다. 적용기한은 2019년말까지다. 다만, 내국법인이 출자 후 5년 이내에 피출자법인의 지배주주에 해당하는 경우 이자 상당가산액 포함해 공제받은 세금을 법인세로 납부해야 한다. 2017년 1월 1일 이후 출자분부터 적용한다.

◇ 안전설비 등 투자세액공제 대상에 내진보강설비 추가
△‘지진·화산재해대책법’에 따라 내진성능 확인을 받은 건축물에 보강된 시설 △‘건축법’ 제48조에 따른 구조안전 확인대상이 아닌 건축물 △건축 당시 법률에 따라 구조안전 확인대상이 아닌 건축물인 경우도 세액공제를 적용받을 수 있게 됐다. 적용은 2017년 한 해에 해당해 적용한다.

◇ 신성장기술 사업화시설 투자에 대한 세액공제 신설
신성장동력·원천기술을 사업화하기 위한 시설투자 시 투자금액에 대해 소득세·법인세를 세액공제한다. 공제율은 중소기업 10%, 중견기업 7%, 대기업 5%다.

대상시설은 신성장동력·원천기술 R&D 세액공제대상기술 별로 시행규칙으로 정하는 시설로서 신성장동력·원천기술의 사업 화에 사용하기 위한 사업용자산이다.

공제요건은 △전체 R&D 비중이 매출액의 5% 이상이고, 직전 연도 신성장동력·원천기술 연구개발비중이 전체 연구개발비의 10% 이상이거나 해당 기업이 연구개발한 특허권을 보유해야 하고 △직전연도보다 상시근로자 수가 줄어들면 안 된다. 중소기업의 경우 감소한 경우에도 적용하되 감소인원 1인당 1000만원을 세액공제액에서 뺀다.

적용지역은 수도권과밀억제권역 외 지역이며, 공제연도 이후 2년 이내 상시근로자 수 감소 시 1인당 1000만원씩, 투자 완료일부터 3년 이내에 다른 목적에 전용한 경우 세액공제 상당액과 이자가산액을 각각 추징한다. 적용은 2017년 1월 1일부터다.

◇ 중소·중견기업에 대한 가속상각 특례 신설
기계 및 장치, 공구, 기구, 비품 또는 차량 및 운반구, 선박 및 항공기(운수업·임대업 등에서 직접 사용되는 경우에 한정)의 경우 기준내용연수의 50%를 가감한 범위에서 내용연수를 선택할 수있도록 한다. 단, 1년 미만의 내용연수는 없는 것으로 한다. 중소 기업은 2016년 7월 1일, 중견기업은 2016년 1월 1일 이후 취득한 설비투자자산부터 적용한다.

◇ 근로소득 증대세제 개선
당해연도 평균임금 증가율이 전체 중소기업 평균임금 증가율을 고려해 정한 일정 임금 증가율을 초과한 기업도 근로소득 증대세제를 적용받을 수 있게 됐다. 단, 직전연도 임금상승률이 음수인 경우 적용을 배제한다. 2017년 1월 1일 이후 개시하는 과세 연도 분부터 적용한다.

◇ 재무구조개선계획 등에 따른 출자전환 시 조기 비용 인정 특례 신설
재무구조개선계획·사업재편계획에 따라 금융기관이 대출채권을 출자전환하는 경우 출자전환시점에 출자전환에 따른 손실을 비용으로 인정한다. 적용은 2017년 1월 1일분부터다.

◇ 공모리츠에 대한 현물출자 시 법인세 과세특례 신설
내국법인이 공모리츠에 토지·건물을 현물출자하는 경우 현물 출자로 발생한 양도차익에 대한 법인세를 과세이연한다. 현물출자 기한은 영업인가일로부터 1년 이내이며, 과세이연 방법은 현물출자로 발생한 부동산 양도차익의 상당액만큼 압축기장충당금을 설정하여 손금산입하면 된다. 적용은 2017년 1월 1일 이후 분부터다.

[조세금융신문(tfmedia.co.kr), 무단전재 및 재배포 금지]