따라서 쟁점규정이 2017.2.7.일 개정됐으나, 그 적용시기는 2017.2.7.일 이후 양도하는 분부터라고 판시함으로써 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분청 처분은 잘못이라는 심판결정례가 나왔다.

청구인은 1997.10.11.일과 2001.12.18.일 000 주택과 토지(합하여 이하 “종전주택”이라 한다.)를 취득하였고, 2004.12.24.일 도시 및 주거환경정비법에 따라 종전주택을 재개발·재건축하여 000(이하 “쟁점신축주택”이라 한다.)를 취득하였으며, 2016.10.19.일 쟁점신축주택을 000원에 양도하고 016.12.31.일 양도소득금액 000원, 감면대상소득금액 000원, 납부할 세액 000원으로 하여 2016년 귀속 양도소득세 예정신고·납부를 했다.

한편 청구인은 2017.1.24.일 쟁점신축주택 양도소득금액이 모두 감면대상소득금액에 해당하므로 이미 납부한 양도소득세 000원의 환급을 구하는 경청청구를 처분청에 제가했으나, 처분청은 2017. 3.17.일 청구인의 당초 양도소득세 예정신고가 타당하다고 하여 이를 거부했다. 청구인은 이에 불복, 2017.3.29.일 심판청구를 제기했다.

청구인은 쟁점신축주택의 양도가 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법 제99조의3)적용대상인 점, 쟁점신축주택이 같은 법 시행령 제98조의3 제1항 각호에 따른 신축주택의 경우가 아닌 점, 2016.2.5.일 대통령령 제26959호로 개정된 같은 법 시행령 제99조의3 제2항 제2호에 규정된 계산식에 따라 감면대상양도소득금액을 계산하면 쟁점신축주택 양도소득금액(000원)전액이 감면대상인 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장했다.

그러나 처분청은 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하고 있는 점, 개정세법 해설서에 의하면 쟁점규정 개정 이유가 신축주택 취득 시 양도소득세 감면대상금액 계산방법 명확화인 점 등에 비추어 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견을 냈다.

한편 조세심판원은 쟁점규정에 규정된 계산식에 따라 감면대상양도소득금액을 계산하면 청구주장과 같이 쟁점신축주택 양도소득금액 전액이 감면대상이 되는 점, 그리고 쟁점규정이 2017.2.7.일 개정되었으나, 그 적용시기가 2017.2.7.일 이후 양도하는 분부터인 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단, 취소결정(조심2017서2149, 2017.8.14.)을 내렸다.

다음은 사실관계 및 판단사항이다.

①청구인은 2004.12.24. 도시 및 주거환경정비법에 따라 종전주택을 재개발·재건축하여 쟁점신축주택을 취득하였고, 쟁점신축주택 취득일부터 5년 후인 2016.10.19.일 이를 000원에 양도하였다.

②청구인의 쟁점신축주택 양도소득세 당초신고 및 경정청구 내역은 000과 같다.

③처분청은 당초신고 시 감면소득금액이 타당하다고 하여 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부하였다.

④쟁점신축주택의 양도가 조세특례제한법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)적용대상이고, 쟁점신축주택이 같은 법 시행령 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택에 해당하지 아니한다는 것에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

[관련법령]

▶조세특례제한법 제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

▶조세특례제한법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

▶조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)제40조(구조조정대상 부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등)

▶조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27845호로 개정된 것)제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

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