일반적으로 하이브리드(Hybrid) 채권이라고도 불리는 신종자본증권은 일반채권과는 다르게 원금과 이자지급 의무에 대한회피가능성이 있는 증권으로서 주식과 채권의 중간적 성격을 지니고 있다.
따라서 이와 관련해 내국 법인이 이같은 신종자본증권의 이자를 지급하는 경우 그 이자가 법인세법 상 내국법인의 손금에 해당되는지에 대해 사채의 지급이자에 해당하므로 법인세법상 손금에 해당된다는 의견과 자본에 대한 배당으로서 손금에 해당하지 않는다는 의견이 각각 존재하고 있는 상황이다.
뿐만 아니라 신종자본증권의 이자가 내국법인의 손금에 해당된다고 할 때 이미 경과한 기간에 대응하는 신종자본증권의 이자를 이익잉여금의 감소로 회계 처리하고, 같은 금액을 부채(미지급배당금)로 계상한 경우 이 금액을 회계 처리한 사업연도에 신고조정으로 손금 산입할 수 있는지 역시 논란이 되고 있다.
이와 관련해서는 이익잉여금의 감소로 회계 처리한 사업연도에 신고조정으로 손금산입 하는 것이라는 의견과 신종자본증권의 이자는 약정에 의한 상환일 또는 실제 지급하는 날이 속하는 사업연도의 손금에 해당하므로 상환일 또는 실제 지급일이 속하는 사업연도에 신고조정으로 손금에 산입하는 것이라는 의견이 각각 존재하고 있다.
국세청은 이에 대해 “은행업을 영위하는 내국법인이 상법 제469조 내지 제516조의 10 의 규정에 따라 사채의 형태로 발행한 신종자본증권의 투자자에게 권면이자를 지급하면서 한국채택국제회계기준(K-IFRS)에 따라 이익잉여금의 감소로 회계 처리한 경우 이 금액은 ‘법인세법 시행령’ 제70조제1항제2호에 규정된 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 시 신고조정으로 손금에 산입하는 것”이라고 회신했다.
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