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[예규·판례]기업연구소 인정이 취소된 사실만으론 취득세 추징 못해

심판원, 연구소 설치 후 4년 이내 다른 용도로 사용 했다고 보기 어려워

(조세금융신문=김종규 기자) 법인이 기업부설연구소를 설치한 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 쟁점부동산을 다른 용도로 사용한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판시, 납세자의 심판청구를 인용하고 과세처분을 취소 결정한 심판례가 나왔다.

 

청구법인은 2014.6.30.000에 취득하고 281.09건축물 중 39.6는 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 46조에 따른 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았는데, 처분청은 이에 대하여 000을 부과· 고지했다. 청구법인은 이에 불복, 2015.11.16.일 심판청구를 제기하게 된 것이다.

 

청구법인에 따르면 청구법인의 기업부설연구소 인정이 취소된 것은 벤처기업 유효기간(2013.5.15.~2015.5.14.)의 연장 실수로 인한 연구소 유지의 기본인력(벤처기업 2, 일반기업 3)미달 때문이고, 이는 단순히 행정절차 실수로 인한 기업부설연구소 인정의 취소일 뿐 기업부설연구소를 폐쇄한 것이 아니며, 기업부설연구소 인정을 재신청하여 현재는 기업부설연구소로 다시 인정(2015.10.20.)되었고, 기업부설연구소 인정이 취소된 기간에도 기업부설연구소는 실질적으로 운영되고 있었으므로 처분청이 쟁점부동산에 대한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장했다.

 

그러나 처분청은 쟁점부동산에 대한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다는 의견이다. 처분청의 의견에 따르면 청구법인이 2014.6.30.일 쟁점부동산을 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하였다하더라도 연구소를 설치한 후 4년 이내인 2015.7.10.일 청구법인의 기업부설연구소가 요건미달로 인정이 취소된 것이 확인되었으므로 쟁점부동산에 감면받은 취득세 등의 추징요건이 성립한 것이고, 2015.10.20.일 다시 기업부설연구소의 인정을 받았다 하더라도 이를 달리 볼 것은 아니다 라는 것이다

 

한편 조세심판원은 청구법인이 기업부설연구소를 사실상 폐쇄한 사실 등이 나타나지 아니한 상황에서 기업부설연구소의 인정이 취소된 사실만으로 추징요건인 연구소를 폐쇄하거나 연구소 외의 용도로 사용했다고 보기 어려운 점 등으로 비추어보더라도 기업부설연구소를 설치한 후 4년 이내에 폐쇄하거나 쟁점부동산을 연구소 외의 용도로 사용한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 취득세 등을 추징한 처분은 잘 못이 있다고 판시, 청구법인의 심판청구를 인용하고, 과세청의 과세처분을 취소결정(조심 20160075, 2016.10.6.)했다.

 

다음은 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 내용이다.

000를 소재재로 하여 기업부설연구소의 인정을 받은 것으로 나타난다.

 

000로 변경되었고 연구전담요원은 3명으로 기재되어 있다.

 

000이고 연구전담요원은 2명이며 건물형태는 독립 공간 39.6로 기재되어 있다.

 

청구법인은 2014.6.30. 000에 취득하고 위 건축물 281.0939.6(쟁점부동산)에 대하여는 지방세특례제한법 제46조에 따른 기업부설연구소에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.

0002015.3.15. 청구법인에게 보낸 벤처기업 유효기간 종료에 따른 기업부설연구소 인정 취소 예정 안내 문서에는 벤처기업 유효기간이 종료된 때에는 일반중소기업 인정요건(중소기업 5명 이상, 소기업 3명 이상)을 충족하여야만 기업부설연구소 인정효력이 지속될 수 있고, 따라서 귀 사는 벤처기업 인정요건이 만료되는 2015.5.14.일 까지 아래의 방법 중 한 가지를 선택하여 변경 신고 또는 자진 취소 등을 하여 주시기 바란다고 기재되어 있다.

0002015.7.10.일 청구법인에게 보낸 기업부설연구소 취소 통보 문서에는 본회에 신고 된 귀 사의 기업부설연구소는 인정이 취소되었음을 알려드린다고 기재되어 있다.

0002013.5.15.일 발행한 청구법인의 벤처기업 확인서에 의하면, 청구법인은 2013.5.15.일부터 2015.5.14.일까지를 유효기간으로 하여 벤처기업으로 확인받았음이 확인된다.

 

0002015.910.일 발행한 청구법인의 벤처기업 확인서에 의하면 청구법인은 2015.9.10.일부터 2017.9.9.일까지를 유효기간으로 하여 벤처기업으로 확인받았음이 확인된다.

 

000, 신고년월일이 2015.10.14.일로 유효기간이 벤처기업만료일(2017.9.9.일까지)로 기재되어 있다.

 

처분청은 쟁점부동산에 설치된 청구법인 기업부설연구소의 정이 2015.7.10.일 취소된 사실을 확인하고, 청구법인이 이미 감면받은 쟁점부동산에 대한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아 2015.11.10.일 취득세 등 합계 000을 청구법인에게 부과· 고지하였다.

 

청구법인은 쟁점부동산을 취득하여 기업부설연구소로 계속 사용하였다고 주장하고 있고, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 다른 용도 등으로 사용하였다는 입증서류 등을 제출한 사실은 없다

 

[관련법령 풀이]

대통령령으로 정하는 기업부설연구소란?= 지방세특례제한법 시행령 제23조에서, 지방세법 제46조 제1항 본문에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다.

 

위와 같은 규정에서 연구소를 폐쇄하거나의 의미는 연구소의 시설을 없애거나 그 기능을 정지하여 더 이상 연구소 용도로 사용하지 아니한 것을 의미하고, 다른 용도로 사용하는 경우란 해당 부동산을 실질적으로 연구소 외의 용도로 사용하는 것을 의미한다.

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